课程教材是铸魂育人的重要载体，事关人才培养质量和国家意识形态安全，历来备受党和国家的高度重视。课程教材研究所的前身是1990年组建的国家教委基础教育课程教材研究中心。1998年，恢复更名为教育部基础教育课程教材发展中心。2017年,教育部根据中央机构编制委员会办公室有关批复，设立课程教材研究所，并与教育部基础教育课程教材发展中心进行资源整合,合署办公。2021年，根据中央编委关于教育部深化事业单位改革试点实施方案的批复，整合课程教材研究所和教育部基础教育课程教材发展中心，组建新的课程教材研究所。